Υπό την κρίση του Συμβουλίου της Επικρατείας τίθεται η υπουργική απόφαση (21.9.2012) για την ηλεκτρονική ψηφοφορία ανάδειξης των οργάνων των ΑΕΙ , ενώ παράλληλα προσβάλλεται εμμέσως και ο ο νόμος 4009/2011 που ορίζει μεταξύ άλλων τον τρόπο λειτουργίας τους.

Στο Συμβούλιο της Επικρατείας προσέφυγαν 13 Πανεπιστήμια, τέσσερις πρυτάνεις, δυο αντιπρυτάνεις και 49 καθηγητές του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου (Ε.Μ.Π.) και ζητούν να ακυρωθεί ως αντισυνταγματική και παράνομη η επίμαχη υπουργική απόφαση.

Όπως υποστηρίζουν μεταξύ άλλων στην προσφυγή τους τόσο με τους επίμαχους δύο νόμους (4009/2011 και 4076/2012) όσο και με την προσβαλλόμενη υπουργική απόφαση καταργείται το αυτοδιοίκητο των Α.Ε.Ι., λόγω της πρόβλεψης της συμμετοχής τρίτων ιδιωτών στα συμβούλια των Πανεπιστημίων.

Χαρακτηριστικά αναφέρουν ότι «το γεγονός ότι τα εξωτερικά μέλη του Ιδρύματος επιλέγονται από τα εσωτερικά μέλη, δηλαδή από πρόσωπα που ανήκουν στην οικεία πανεπιστημιακή κοινότητα και εκλέγονται από αυτήν, δεν θεραπεύει ούτε την έλλειψη οιασδήποτε ακαδημαϊκής νομιμοποίησης, ούτε καλύπτει την αντισυνταγματικότητα της σχετικής ρύθμισης, δεδομένου ότι το άρθρο 16 παράγραφος 5 εδάφιο α΄ του Συντάγματος δεν κατοχυρώνει απλώς την «αυτοδιοίκηση» των Α.Ε.Ι., όπως το άρθρο 16 του Συντάγματος του 1952, αλλά επιτάσσει την «πλήρη αυτοδιοίκηση» τους, που περιλαμβάνει και την επιλογή των μελών των οργάνων της διοίκησης τους μέσα από τα μέλη της οικείας πανεπιστημιακής κοινότητας».

Οι ίδιοι προσθέτουν οτι η συμμετοχή εξωτερικών μελών σε πανεπιστημιακά όργανα, «θίγει την πλήρη αυτοδιοίκηση των Α.Ε.Ι., διότι μεταθέτει ποσοστό της αποφασιστικής εξουσίας για τις πανεπιστημιακές υποθέσεις σε πρόσωπα που δεν ανήκουν στην οικεία ακαδημαϊκή κοινότητα και κατά τούτο εισάγει στοιχεία ετεροδιοίκησης, ενώ αντιστοίχως, κατά το ίδιο ποσοστό, η ακαδημαϊκή κοινότητα στερείται την εξουσία αυτοδιοίκησής της, καθώς για κάθε θέση οργάνου που καταλαμβάνεται από εξωτερικό μέλος ισάριθμα μέλη του Α.Ε.Ι. στερούνται τη δυνατότητα κατάληψής της».

Ως προς το νέο νομοθετικό πλαίσιο, υποστηρίζουν οτι «παραβιάζεται η δυνατότητα όλων των μελών της ακαδημαϊκής κοινότητας να λάβουν ως εκλόγιμοι, μέρος στην εκλογή του πρύτανη, αφού γίνεται με την επίμαχη διαδικασία και με απόφαση του συμβουλίου στο οποίο μετέχουν μη ακαδημαϊκά μέλη, ενώ η αξιολόγηση και η προεπιλογή των υποψηφίων πρυτάνεων γίνεται χωρίς κανένα ιδιαίτερο κριτήριο και ιδίως ως προς τους λόγους αποκλεισμού κάποιου υποψηφίου πρύτανη». Έτσι όμως προσθέτουν, παραβιάζεται η αρχή της αξιοκρατίας και της διαφάνειας.

Ως προς το νέο εκλογικό σύστημα-ηλεκτρονική ψήφος μέσω ηλεκτρονικού υπολογιστή -, οι προσφεύγοντες υποστηρίζουν οτι είναι πολύπλοκο και δεν μπορεί να ελέγξει την καταμέτρηση ούτε η αρμόδια εφορευτική επιτροπή ούτε και τα δικαστήρια αν κάποιος προσφύγει σ' αυτά. Κατά συνέπεια καταλήγουν στο συμπέρασμα κοινότητα, ότι το εκλογικό σύστημα προάγει την αδιαφάνεια και αποκλείει τη δικαστική προστασία.

Οι προσφεύγοντες ζητούν το θέμα να εξετάστεί, λόγω σοβαρότητας, από την Ολομέλεια του ΣτΕ.

Την προσφυγή "υπογράφουν" το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών, το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, το Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο, το Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης, το Πάντειο Πανεπιστήμιο Κοινωνικών και Πολιτικών Επιστημών, το Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων, το Πανεπιστήμιο Αιγαίου, το Πανεπιστήμιο Πατρών, το Ιόνιο Πανεπιστήμιο, το Πανεπιστήμιο Πειραιώς, η Ανωτάτη Σχολή Καλών Τεχνών, το Πολυτεχνείο Κρήτης και το Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών, οι πρυτάνεις Γ. Χαρβαλιάς, Τριαντ. Αλμπάνης, Σίμ. Σιμόπουλος, Θεοδ. Πελεγρίνης, οι αντιπρυτάνεις Αγγελική Δημητρακοπούλου και Αντωνία Μοροπούλου, καθώς και 49 καθηγητές του Ε.Μ.Π.