Όταν συγκεντρωθεί λοιπόν από το Fund το κατάλληλο καλάθι μετοχών, κατατίθεται σε μια ειδική τράπεζα φύλαξης (custodian bank). Η τράπεζα φύλαξης κρατά το καλάθι των μετοχών στο λογαριασμό του διαχειριστή κεφαλαίων για να το ελέγχει.

Σε αυτό τον λογαριασμό δεν υπάρχει δραστηριότητα trading παρά μόνο μερικές εισροές από μερίσματα, ενώ κάποιοι διαχειριστές κεφαλαίων έχουν το δικαίωμα να χρησιμοποιήσουν παράγωγα προϊόντα, π.χ. του δείκτη FTSE/ASE-20.

Όλη αυτή η ροή των μεμονωμένων μετοχών για τη δημιουργία του ETF, αλλά και των πιστοποιητικών ιδιοκτησίας του ETF, περνά από την εταιρεία εκκαθάρισης, όπως και στις μετοχές, η οποία καταγράφει τις μεμονωμένες πωλήσεις μετοχών, διατηρεί το επίσημο αρχείο αυτών των συναλλαγών και ουσιαστικά προσφέρει μια πρόσθετη ασφάλεια συναλλαγών στους επενδυτές.

Μόλις λοιπόν οι μετοχές κατατεθούν και το ETF δημιουργηθεί, εν συνεχεία έρχεται να πάρει ”σάρκα και οστά” η εισαγωγή του σε μια οργανωμένη αγορά διαπραγμάτευσης. Στη συνέχεια, ρόλο αναλαμβάνουν οι market makers ή οι specialists για την πώληση του ETF.

Από εκεί και έπειτα οι μετοχές του εκάστοτε ETF γίνονται αντικείμενο ελεύθερης αγοραπωλησίας μεταξύ των επενδυτών στην αγορά, όπως κάθε άλλη μετοχή που βρίσκεται υπό διαπραγμάτευση στο χρηματιστήριο.

Για παράδειγμα, ένα μετοχικό ETF με δομή ανάλογη του δείκτη της υψηλής κεφαλαιοποίησης δίνει στον κάτοχό του τη δυνατότητα να πραγματοποιεί συναλλαγές μέσω του ETF σε όλο το καλάθι μετοχών του FTSE/ASE-20.

Η απόσυρση του ETF είναι απλώς η αντίστροφη διαδικασία. Ένας market maker αγοράζει ένα μεγάλο μέρος του ETF στην ελεύθερη αγορά και το στέλνει στην τράπεζα φύλαξης. Κατόπιν λαμβάνει σε αντάλλαγμα πίσω το ισοδύναμο καλάθι των μεμονωμένων μετοχών, οι οποίες στη συνέχεια πωλούνται στην ελεύθερη αγορά ή επιστρέφονται στους αρχικούς δανειστές.