Η Aegean Airlines συμμετείχε στον διαγωνισμό που προκήρυξε το Ελληνικό Δημόσιο και κατέθεσε προσφορά για την εκμετάλλευση 17 τακτικών αεροπορικών γραμμών στις οποίες έχουν επιβληθεί υποχρεώσεις παροχής δημόσιας υπηρεσίας (άγονων γραμμών).

Συγκεκριμένα η Aegean κατέθεσε προσφορά για την εξυπηρέτηση των κάτωθι γραμμών:  Αθήνα-Αστυπάλαια, Αθήνα-Ικαρία, Αθήνα-Κάλυμνος, Αθήνα-Κάρπαθος, Αθήνα-Κύθηρα, Αθήνα-Σητεία, Αθήνα-Σκιάθος και  Αθήνα-Σκύρος.
 
Επίσης, Άκτιο-Σητεία, Αλεξανδρούπολη-Σητεία, Θεσσαλονίκη-Καλαμάτα, Θεσσαλονίκη-Κέρκυρα, Θεσσαλονίκη-Σάμος, Θεσσαλονίκη-Σκύρος, Θεσσαλονίκη-Χίος, Κέρκυρα-Άκτιο-Κεφαλονιά-Ζάκυνθος και Λήμνος-Μυτιλήνη-Χίος-Σάμος-Ρόδος.

Η εταιρεία σκοπεύει να καλύψει τις ως άνω γραμμές με αεροσκάφη AVRO RJ 100 (χωρητικότητας 112 θέσεων) καθώς και με αεροσκάφη ATR 72-500 (χωρητικότητας 68 θέσεων). Η εταιρεία έχει προσθέσει στο στόλο της δύο αεροσκάφη ATR 72-500 τελευταίας τεχνολογίας, τα οποία έχουν ηλικία λιγότερη του ενός έτους αφού είναι παραγωγής δευτέρου εξαμήνου του 2008 και έχουν και αυτά δερμάτινα καθίσματα.

Ο κ. Δημήτρης Γερογιάννης, Διευθύνων Σύμβουλος της Aegean  δήλωσε σχετικά: «Πιστεύουμε ότι η διαδικασία του διαγωνισμού θα εκτελεστεί με τον καλύτερο τρόπο, προς όφελος του επιβατικού κοινού των απομεμακρυσμένων περιοχών της χώρας μας αλλά και του κόστους για το ελληνικό δημόσιο. Η Aegean θα εξυπηρετήσει τις γραμμές που θα της καταχωρηθούν με την σταθερότητα και την προσήλωση στην εξυπηρέτηση του επιβατικού κοινού που επιδεικνύει σταθερά την τελευταία δεκαετία και που την έχουν καταστήσει την πρώτη σε επιβατική κίνηση αεροπορική εταιρεία της Ελλάδας».