Στην κρίση του Ανωτάτου Ειδικού Δικαστηρίου τίθεται το θέμα του χρόνου παραγραφής των αξιώσεων που έχουν υπάλληλοι που εργάζονται στο Δημόσιο επί καθυστερούμενων αποδοχών , διαφορές αποδοχών, επιδομάτων, οικονομικών παροχών και αποζημιώσεων.

Το Ανώτατο Ειδικό Δικαστήριο καλείται να αποφασίσει εάν η παραγραφή των αξιώσεων θα είναι διετής ή πενταετής μετά τις αντίθετες αποφάσεις που εξέδωσαν το Συμβούλιο της Επικρατείας και ο Αρειος Πάγος.

Η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας με δύο αποφάσεις που εξέδωσε έκρινε οτι είναι αντισυνταγματική η διετής παραγραφή των αξιώσεων, ενώ ο Αρειος Πάγος έχει κρίνει από το 1983 οτι η παραγραφή είναι διετής.

Σύμφωνα με την απόφαση του Συμβουλίου της Επικρατείας η θέσπιση με το άρθρο 91 παράγραφος 3 του Ν.Δ. 321/1969 σε βάρος των υπαλλήλων του Δημοσίου ειδικής βραχυπρόθεσμης διετούς παραγραφής με την οποία περιορίζεται το δικαίωμά τους να διεκδικήσουν αναδρομικά ποσά λόγω καθυστερούμενων αποδοχών ή άλλων απολαβών ή αποζημίωση εξ αδικου πλουτισμού αντίκειται στο Σύνταγμα που καθιερώνει την αρχή της ισότητας , διότι είναι μικρότερος από τον χρόνο της πενταετής παραγραφής που προβλέπεται για όλες τις άλλες χρηματικές αξιώσεις κατά του Δημοσίου αλλά και για τις αξιώσεις του Δημοσίου κατά τρίτων.

Επιπλέον το ΣτΕ έκρινε οτι η διετής παραγραφή δεν δικαιολογείται από την έννομη σχέση που έχει το δημόσιο με τους υπαλλήλους του εφόσον οι αξιώσεις του δημοσίου από εκείνους δεν υπόκεινται σε βραχυπρόθεσμη παραγραφή.

Ως εκ τούτου το ανώτατο ακυρωτικό δικαστήριο έκρινε οτι η διετής παραγραφή είναι αντισυνταγματική και θα πρέπει να εφαρμοστεί πενταετής.

Αξίζει να σημειωθεί οτι τον Μάιο του 2009 το Ανώτατο Ειδικό Δικαστήριο έκρινε οτι η παραγραφή των αναδρομικών αξιώσεων από διαφορές αποδοχών επιδομάτων κ.α. των υπαλλήλων των Νoμκών Προσώπων Δημοσίου Δικαίου είναι διετής.