Τη συνολική διαχείριση του μεταναστευτικού ζητήματος θα έχει η υπό σύσταση γενική γραμματεία συντονισμού επί θεμάτων αλλοδαπών, παράτυπης μετανάστευσης και υπηκόων τρίτων χωρών του υπουργείου Εσωτερικών.
Το σχέδιο προεδρικού διατάγματος κατατέθηκε στο ΣτΕ προς έγκριση. Η λειτουργία της νέας γενικής γραμματείας εκτιμάται ότι το 2017 θα κοστίσει 41.500 ευρώ και για τα επόμενα έτη 62.000 ευρώ, ενώ ως γενικός γραμματέας θα οριστεί μετακλητός υπάλληλος.
Η γενική γραμματεία θα είναι αρμόδια για την εποπτεία και έλεγχο των Διευθύνσεων Αλλοδαπών , Προστασίας Συνόρων και Διαχείρισης Μετανάστευσης της ΕΛΑΣ. Επίσης θα εποπτεύει το Εθνικό Συντονιστικό Κέντρο Ελέγχου Συνόρων, Μετανάστευσης και Ασύλου, ενώ θα συντονίζει την ΕΛΑΣ, το Λιμενικό Σώμα , τα συναρμόδια υπουργεία και λοιπούς φορείς στις διαδικασίες υποδοχής αλλά και επιστροφής μη νόμιμων εισερχομένων αλλοδαπών.
Επίσης στη γενική γραμματεία περνούν οι διοικητικές αρμοδιότητες σε θέματα αλλοδαπών που έχει ο αναπληρωτής γενικός γραμματέας του υπουργείου Εσωτερικών, καθώς και η εκπροσώπηση του υπουργείου Εσωτερικών σε διεθνή συνέδρια και εκδηλώσεις επί θεμάτων μεταναστευτικής πολιτικής.