Αξιόλογη αύξηση παρουσίασε η κερδοφορία των μεγαλύτερων περιφερειακών λιμανιών της χώρας, που λειτουργούν με τη μορφή της Α.Ε. Σύμφωνα με τα σχετικά στοιχεία του Ταμείου Ιδιωτικοποιήσεων, ο μέσος όρος αύξησης των κερδών των 9 Οργανισμών Λιμένων (χωρίς την Πάτρα, που είχε μεγάλες ζημίες το 2015 λόγω διαγραφών παγίων), με βάση τα Διεθνή Λογιστικά Πρότυπα (ΔΛΠ) έφτασε το 112%. Η Πάτρα έκλεισε με μικρά κέρδη το 2016, ωστόσο η τόσο μεγάλη διαφορά σε σχέση με το 2015 προκύπτει από λογιστικές εγγραφές παγίων στοιχείων, εξαιτίας των οποίων ο Οργανισμός παρουσίασε ζημία -12.384.127 ευρώ.
Σε επίπεδο κύκλου εργασιών, έξι λιμάνια (Βόλος, Ελευσίνα, Καβάλα, Κέρκυρα, Ραφήνα, Αλεξανδρούπολη) καταγράφουν θετικό πρόσημο για το 2016. Ωστόσο σχεδόν τα μισά λιμάνια (τέσσερα στα δέκα) παρουσίασαν πέρυσι μείωση του κύκλου εργασιών. Εντύπωση προκαλεί και η μεγάλη αύξηση εξόδων που παρουσιάζουν ορισμένα από τα περιφερειακά λιμάνια, με πρωταθλητή τον Οργανισμό Λιμένος Βόλου (30%). Τη μεγαλύτερη αύξηση κύκλου εργασιών παρουσίασε ο Οργανισμός Λιμένος Καβάλας με 91%, ενώ ακολουθεί ο Οργανισμός Λιμένος Ελευσίνας με 36,56%.