Αιχμές για την αποχώρησή του από το υπουργείο Παιδείας άφησε ο Νίκος Φίλης, κατά τη διάρκεια της τελετής παράδοσης - παραλαβής.
«Ολοι βρισκόμαστε στις θέσεις μετά από εντολή του λαού και του πρωθυπουργού. Προβλήματα δεν επισημάνθηκαν στις συναντήσεις μου με τον πρωθυπουργό ενώ ήταν πολύ θετικές οι αναφορές στο έργο μας και στο νέο υπουργικό συμβούλιο. Ξαφνικά, το άριστα 20 μετατράπηκε σε ένα μήνα σε μη προβιβάσιμο βαθμό», σημείωσε.
«Ποιος κάνει λάθος, ο γαλαντόμος καθηγητής που ξαφνικά βάζει χαμηλό βαθμό, ή ο μέχρι χθες άριστος μαθητής;
Οσο αυτά δεν εξηγούνται πειστικά, η πρόταση για αλλαγή σχολικού περιβάλλοντος δεν μπορεί να γίνει δεκτή», τόνισε αναφερόμενος προφανώς στις προτάσεις που δέχτηκε για μετακόμιση σε νέο υπουργείο.
Ο κ. Φίλης υπογράμμισε ότι η παρουσία του στο υπουργείο Παιδείας δημιούργησε ορκισμένους εχθρούς, αναφερόμενος στη διαμάχη με την Εκκλησία.
Τόνισε δε ότι «οργανώθηκε συμβόλαιο πολιτικού θανάτου εις βάρος μου, στη συνέντευξη Ιερώνυμου στον ΣΚΑΪ και τον Αλ. Παπαχελά. Ζητήθηκε από τον πρωθυπουργό η καθαίρεση του προβληματικού υπουργού στον ανασχηματισμό».
Κατηγόρησε τον Αρχιεπίσκοπο για ευθεία πρόκληση προς το πολιτικό σύστημα και επικίνδυνη ρητορική, αναφερόμενος στην «όψιμη αντίδραση του Ιερώνυμου στη δημιουργία τεμένους, παρά τη συμφωνία του προκατόχου του, την ακροδεξιά ρητορική και την προσχώρηση στο αντιχριστιανικό δόγμα ότι η Εκκλησία μοιράζει ψωμί μόνο στους Έλληνες».
Χαρακτήρισε δε ορισμό της παραθεσμικής συμπεριφοράς εκ μέρους της Εκκλησίας την απομάκρυνση υπουργού από την κυβέρνηση.
Πόσο θα συνυπάρχει η έρευνα και η παιδεία με την Εκκλησία στο ίδιο υπουργείο, διερωτήθηκε και ζήτησε στην επερχόμενη συνταγματική αναθεώρηση να τεθεί επί τάπητος ο διαχωρισμός κράτους - Εκκλησίας.
Ο νέος υπουργός Παιδείας Κώστας Γαβρόγλου, στην τοποθέτησή του αμέσως μετά, σχολιάζοντας τις σχέσεις με την Εκκλησία, τόνισε: «Εγώ τα ζητήματα δεν τα γνωρίζω τόσο βαθιά όσο ο Νίκος (Φίλης). Θα πρέπει να μείνουμε σταθερά στις δηλώσεις που έγιναν από την κυβέρνηση και τον Αρχιεπίσκοπο μετά τη συνάντησή τους. Να προχωρήσουμε, να σχεδιάσουμε τα βιβλία, να αξιολογήσουμε πώς πήγαν τα πράγματα φέτος και να πάμε μπροστά. Δεν μας βοηθά ένα ζήτημα μισαλλοδοξίας που δεν ήταν ευθύνη του υπουργού Παιδείας».