Κατηγορούμενος για εμπλοκή στην υπόθεση της λίστας Λαγκάρντ αλλά αθώος για την υπόθεση που αφορά στο πάγωμα της είσπραξης προστίμων από λαθρεμπορία καυσίμων κρίθηκε ο πρώην γενικός γραμματέας Φορολογικών και Τελωνειακών Θεμάτων του υπουργείου Οικονομικών και πρώην επικεφαλής του ΣΔΟΕ Γιάννης Καπελέρης.Ειδικότερα, με βούλευμα που εκδόθηκε από το Συμβούλιο Εφετών, ο Γιάννης Καπελέρης απηλλάγη από την κατηγορία της κακουργηματικής απιστίας την οποία αντιμετώπιζε σε συνδυασμό με τις επιβαρυντικές διατάξεις του νόμου περί καταχραστών του δημοσίου. Από την εμπλοκή της στην υπόθεση απηλλάγη και η συγκατηγορούμενή του, αρμόδια διευθύντρια στη Διεύθυνση Τελωνείων.
Τα μέλη του Συμβουλίου Εφετών υιοθέτησαν εισαγγελική πρόταση (υπ΄αριθμ 956/2013) της αντεισαγγελέως Εφετών, Παγώνας Ζάκκα η οποία ζητούσε την απαλλαγή και των δυο κατηγορούμενων.
Προκαταρκτική έρευνα για την υπόθεση είχαν διενεργήσει οι οικονομικοί εισαγγελείς ύστερα από τις δημόσιες καταγγελίες του πρώην γενικού γραμματέα Πληροφοριακών Συστημάτων του υπουργείου Οικονομικών, Διομήδη Σπινέλλη περί ύπαρξης «παραμηχανισμού» στο υπουργείο Οικονομικών που «μπλοκάρει την είσπραξη προστίμων από λαθρεμπόριο καυσίμων».
Μετά την άσκηση ποινικής δίωξης σε βάρος του ο Γ. Καπελέρης είχε παραιτηθεί υποστηρίζοντας ότι η υπόθεση αφορά εκπρόθεσμες ενημερώσεις του συστήματος ΗΦΑΙΣΤΟΣ, για το πετρέλαιο θέρμανσης, που δεν σχετίζονται με λαθρεμπόριο καυσίμων.
Όπως είχε ισχυριστεί ενώπιον των οικονομικών εισαγγελέων οι επίμαχες εγγραφές οφείλονταν σε προβληματική διαδικασία του συστήματος και για το λόγο αυτό αναμενόταν νομοθετική ρύθμιση η οποία είχε καθυστερήσει.