Φοροδιαφυγή που ξεπερνά τα 3 εκατομμύρια ευρώ από το 2000 ως το 2010 προέκυψε μετά από οικονομικό και φορολογικό έλεγχο που πραγματοποίησε το ΣΔΟΕ για τον πρώην υπουργό Γιάννο Παπαντωνίου και τη σύζυγό του. Η έρευνα έγινε μετά από εντολή της επίκουρης εισαγγελέα διαφθοράς Πόπης Παπανδρέου.
Η εισαγγελέας μελέτησε το πόρισμα και κατέληξε ότι σε βάρος του πρώην υπουργού πρέπει να ασκηθεί ποινική δίωξη για φοροδιαφυγή κατ' εξακολούθηση σε βαθμό πλημμελήματος και κατά της συζύγου του Σταυρούλας Κουράκου σε βαθμό κακουργήματος για το ίδιο αδίκημα εξαιτίας του 1,333 εκατ. ευρώ που εντοπίστηκε μέσω της λίστας Λαγκάρντ σε τράπεζα της Ελβετίας.
Παρά το πολύ υψηλό ποσό της φοροδιαφυγής, ο σχετικός νόμος ορίζει ότι για να ασκηθεί δίωξη σε βαθμό κακουργήματος θα πρέπει το αποκρυβέν εισόδημα ετησίως να ξεπερνά τις 150.000 ευρώ. Ο κ. Παπαντωνίου φέρεται να απέκρυψε κάθε χρόνο ποσά της τάξεως των 80.000 ευρώ.
Ο πρώην υπουργός και η σύζυγός του δεν διώκονται για ξέπλυμα βρόμικου χρήματος, αν και μέσω της λίστας Λαγκάρντ εντοπίστηκε 1,333 εκατ. ευρώ σε τραπεζικό λογαριασμό στην Ελβετία το 2000. Ωστόσο, η φοροδιαφυγή αποτελεί βασικό αδίκημα σε ξέπλυμα βρόμικου χρήματος από το 2005 και μετά, οπότε άλλαξε ο σχετικός νόμος.
Για να ασκηθούν οι ποινικές διώξεις θα πρέπει να ολοκληρωθεί διοικητικά ο φορολογικός έλεγχος από την αρμόδια ΔΟΥ. Τις διώξεις θα ασκήσει στη συνέχεια ο εισαγγελέας οικονομικού εγκλήματος λόγω αρμοδιότητας.
Όπως διαπιστώθηκε κατά τον έλεγχο, ο Γιάννος Παπαντωνίου ζούσε ξοδεύοντας περισσότερα χρήματα από όσα έβγαζε. Οι πηγές αυτών των εσόδων δεν είναι ακόμα ξεκάθαρες, αλλά επισημαίνεται ότι συνεχίζεται η έρευνα για εξοπλιστικά προγράμματα στα οποία εμπλέκεται και ο ίδιος. Μάλιστα έχει υπάρξει σειρά αιτημάτων δικαστικής συνδρομής και έχουν σταλεί απαντήσεις από τις αρμόδιες αρχές του εξωτερικού.